Küla on mainitud Taani Hindamisraamatus 1241 a. nime all Napalae Taani Kuninga valdusena. Keskajal asus Nabalas tornlinnus, mille ehitamisaeg on hilisematele põlvedele paraku teadmata. Tänaseks on linnusest säilinud väike küngas mõisahoone ees.

1327-1337 kuulus maavaldus vasallidele Nappelitele, kelle nimi oli arvatavasti tuletus kohanimest.

Kinnitatud teated mõisa asumisest selles külas räägivad aastast 1475.

1510. aastal vahetab mõisaomanik Bertram Junge Nabala mõisa Palmse mõisa vastu. Mõis läheb üle Tallinna Naistsisterlaste nunnakloostri kätesse.

Klooster suudab oma valdust hoida hoolimata reformatsioonist ja Liivi sõjast.

1598. aastal rändab mõis Maanõunike kolleegiumile, mis on Rüütelkonna eelkäija. Peale Kuimetsa ja Kaiu on Nabala mõis kolmas suurem Rüütelkonnale kuuluv Põhja-Eesti mõis.

1685. aastal toimub reduktsioon ning mõis läheb kaudselt kloostrile tagasi. Sellest saab kloostri kompleksis tegutseva Tallinna gümnaasiumi omadus (hilisem Gustav Adolfi gümnaasium).

1710. aastast kuulub Nabala mõis taas Rüütelkonnale, kelle kätte jääb kuni 1919 aasta võõrandamiseni.

Praegune mõisahoone on ehitatud arvatavasti 18. sajandil ning teinud läbi ulatusliku arhitektuurilise iluoperatsiooni 20. sajandi lõpus.

Meetripaksused mõisamüürid on tunnistuseks sellest, et vanasti võeti ehitusasja tõsiselt, ning aeg ainult kasvatab hoone ajaloolist hingust.

Nabala nime ajalugu on unustuse hõlma vajunud. Ent kui seda nime kenasti suus veeretada ning venitades välja öelda, kõlab see nagu “Naba-ala”. Naba ju teatavasti inimese keskpunkt ja Nabala mõis seega ka omamoodi keskus. Keskpunkt või mitte, ajalooallikad kinnitavad, et veel paarsada aastat tagasi läks Nabalast mööda Tallinna-Tartu maantee ning eks nii mõnigi tähtis külaline jäänud siis Nabalasse jalgu puhkama.